为提高负压风机舒适度，对负压风机系统的噪音指标有严格的要求，也是评价一个负压风机质量好坏的重要指标。对于功率不大且为主要噪音源之一的负压风机，低噪音显得尤为重要。
为了保证负压风机正常起动、运行，每次电机起动前都要进行电机缺相检测，通过相应的功能函数检测出风机三相线是否连接正常和3相逆变桥是否完好，如果检测到缺相，则停止风机起动并报缺相警报，确保风机每次进入起动程序后都能够成功，同时使系统具有相应的错误诊断能力。
具有正弦型反电动势或气隙磁场的永磁同步电机(正弦波永磁电机PMSM)，采用FOC矢量控制，输入正弦的定子相电压和定子相电流可产生稳定的输出力矩，具有低噪音的特点。但是，在应用中发现，正弦波永磁电机反电动势很少能难达到理想的正弦型，有的干脆就是一个反电动势为梯形波的永磁同步电机(方波永磁电机BLDC)，这种电机采用FOC矢量控制，会使定子电流畸变而产生电机噪音。
针对反电动势波形介于PMSM和BLDC之间这类永磁电机采用矢量控制，专门加入噪音消除功能模块，通过加入N次谐波补偿的方式，使定子电流更接近正弦，从而达到消除或降噪的目的。下面是定子相电流波形得到了很好的改善，噪音得以明显的降低。
对于屋顶负压风机，由于风机在室外，必须保证在各种自然条件的影响下能正常工作，特别是强风的影响下，风机能够正常起动、运行或报警。对于无位置传感的永磁同步电机矢量控制，由于动态响应快的特点，正常运行阶段在强台风下也能够正常工作。但是由于没有位置传感，需要有一个开环起动过程，来建立起转子位置和速度信号，这个起动过程力矩是比较小的，在强台风影响下，很难保证风机能可靠的起动。
